咯菌腈的作用机理是抑制在渗透感应传输过程中具有信号作用的蛋白质致活酶PK–Ⅲ (kinase PK–Ⅲ)，从而导致非磷酸化调节蛋白质浓度的增加，进而使渗透敏感的细胞分裂剂活化蛋白酶分泌失常，最终导致病菌死亡。因其作用机理独特，故与现有杀菌剂无交互抗性，是一类很有发展前景的吡咯类杀菌剂。

咯菌腈兼具杀菌和抑菌作用。咯菌腈对灰霉病菌的杀菌机制主要是干扰并破坏灰霉病菌的生物氧化和生物合成过程，即溶解灰霉病菌的菌体细胞壁，快速破坏灰霉病菌细胞膜上的疏水链，将病菌生命活动的主要物质蛋白质氧化溶解，破坏核酸与蛋白质的合成。咯菌腈的抑菌机制则是通过抑制葡萄糖磷酰化有关的转移来抑制真菌菌丝体的生长，最终导致病菌的死亡。它用于种子处理，可防治种子带菌及与其他杀菌剂发生交互抗性，属触杀性杀菌剂。