咯菌腈的化学结构式中带有吡咯环，但其杀菌作用方式并不同于其起始化合物硝吡咯菌素所具有的呼吸抑制作用，而是通过打断病菌细胞HOG-MAPK信号转导通路，导致细胞内产生超高的渗透压，撑裂细胞。  

真菌在孢子萌发、芽管伸长的侵染过程中，会消耗超高的能量集中所有的精力，对其外界环境也是最为敏感的时候，菌体细胞内的各种酶类物质严阵以待处于蓄势待发状态，此时一旦有来自外界的高渗透压刺激，病菌细胞的HOG-MAPK信号转导通路就会快速地进行化解。此时，咯菌腈来了，HOG-MAPK信号转导被中断了，后果当然也就很惨了。

于是，咯菌腈的作用效果就是抑制病原真菌的孢子萌发、芽管伸长和菌丝生长。

咯菌腈对光和水解的稳定性不错，光照半衰期为24.9小时，在pH值5～9的时候，70℃下也不发生水解。所以，咯菌腈成为长效保护种苗生长的种子处理使用，且包被在种子表面的咯菌腈成分大多数保留在种子表面或附近，建立起一个防止土传或种传性病菌侵染种苗的保护区，大约4%的施用量会穿透种皮提供对位于种子深层的病菌抑制。

咯菌腈的杀菌谱非常广，从镰刀菌、雪腐病菌、链格孢菌到立枯病菌、褐腐病菌等，除了卵菌之外的大多数植物病原真菌，都是咯菌腈的靶标。对咯菌腈最为敏感的植物病原真菌则是多种作物上根腐病的罪魁祸首之一，镰刀菌，包括禾谷镰刀菌、尖镰刀菌、黄色镰刀菌和腐皮镰刀菌；小麦、水稻和甜菜纹枯病的病原，立枯丝核菌；还有桃褐腐病菌、黑曲霉菌和灰霉菌，油菜菌核病菌对咯菌腈最为敏感，其EC50仅为0.002 mg a.i/L。

印象中，咯菌腈似乎都是应用于种子处理，但实际上，咯菌腈也可用于叶面喷雾来防治多种作物上的灰霉病、小麦雪腐叶枯病、桃褐腐病、番茄早疫病以及由链格孢菌、曲霉菌引起的各种果实和叶片上的病害。葡萄开花期用咯菌腈喷花蘸穗也已经是一项常规措施了。千万别忘了，它仅仅是保护性杀菌剂，没有内吸传导性，也没有 活性。  

尽管咯菌腈对光和水解作用很稳定，但咯菌腈对人畜、鸟、蜜蜂和生态还是友好的，不过，对鱼和水蚤的毒性比嘧霉胺大。叶面喷施在葡萄上14天以后没有检测到有活性成分进入果皮和果肉。

咯菌腈的抗药性风险，FRAC把它划定为中等。但在生产使用的时候还是不要滥用为宜。